Un Merkle Root es basicamente un Hash que resume todos los hashes de las transacciones incluidas en un bloque del blockchain de una criptomoneda, este Hash se incluye como parte del encabezado de un bloque. (Ver que es un Hash)
Cada transaccion incluida en un bloque de criptomoneda como Bitcoin tiene un hash que la representa. Para armar el arbol de merkle se van concatenando los hashes de a pares de las diferentes transacciones y a esa cadena resultante de la concatenacion se le aplica la funcion de hash. A esos hashes resultantes se los vuelve a concatenar de a pares sucesivamente y a hashear hasta llegar al tope del arbol donde el hash finalmente obtenido se conoce como merkle root
Con la siguiente imagen de un arbol de merkle muy simple se entiende mucho mas facil el concepto:
El merkle root nos garantiza que si no cambia, ninguna de las transacciones ha sido alterada, ya que en ese caso cambiaria su hash y toda la cadena que lleva al merkle root haciendolo variar